Melanoma sejtvonalak genom eltéréseinek jellemzése array komparatív genom hibridizációval

A humán malignus melanoma a bőrdaganatok legagresszívabb formája, melyet számos, a daganat progresszióval összefüggésbe hozható genetikai alteráció jellemez. Célunk volt a különböző eredetű melanoma sejtvonalak kromoszómális eltéréseinek tanulmányozása array CGH technikával. Eredményeink validálására kvantitatív RT-PCR-t alkalmaztunk.
Vizsgálataink során 5 primer és 2 metasztázis eredetű sejtvonal genom eltéréseit határoztuk meg CytoChip ISCA 8x60 típusú array segítségével. A hibridizációs adatok kiértékelését BlueFuse Multi és Nexus Copy Number szoftverekkel végeztük. A leggyakoribb kópiaszám eltéréseket az 1q, 9p, 10-es kromoszómákon figyeltük meg. Ismételt deléció jellemezte az alábbi kromoszómák rövid karját: 16p, 17p, 19p, míg gyakori amplifikáció a 12p kromoszómakart és a teljes 20-as kromoszómát. A primer és metasztázis eredetű sejtvonalak genom alterációinak összehasonlítása során több szignifikánsan eltérő DNS szekvenciát találtunk: az 1q21.1 és 10q11.21-q11.22 lokuszok delécióját csak a primer tumor eredetű sejtvonalakban figyeltük meg, míg a 3p12.1-p11.1 és 20p13 DNS szakaszok amplifikációját kizárólag metasztázis eredetű sejtvonalakban detektáltuk. Amennyiben a sejtvonalakat biológiai viselkedés alapján csoportosítottuk, az agresszív tulajdonságú vertikális növekedési fázisban (VGP) megfigyelt eltéréseket – a 3p14.1-p12.1 amplifikációját és a 9p23-p13.2 delécióját – a metasztázis eredetű mintákban is kimutattuk. A PTEN tumorszuppresszor lokusz (10q23) deléciója egyaránt jellemezte a primer és metasztázis eredetű sejtvonalakat; ezt az eltérést RT-PCR-al megerősítettük.
Eredményeinket összefoglalva megállapíthatjuk, hogy array CGH-el a melanoma agresszív biológiai viselkedését jellemző eltéréseket találtunk, melyek közül kiemelten fontosak lehetnek a VGP típusú daganatokban megjelenő, de az áttétekben is előforduló eltérések. Mivel ezen kópiaszám alterációk progresszió specifikusnak tekinthetők, ezért az említett genom szakaszokon kódolt gének daganat proliferációban és invázióban betöltött szerepének részletes vizsgálatát tervezzük.