A közelmúlt élelmiszerhamisítás botrányai rámutattak arra, hogy folyamatosan szükség van az élelmiszerek faj- és fajtaazonosítását lehetővé tévő molekuláris biológiai technikák kidolgozására, fejlesztésére. A legfejlettebb szekvencia variációk kimutatására képes módszerek (kvantitatív PCR, DNS szekvenálás) a költséges műszer és vegyszerigényük miatt jelenleg még nem alkalmazhatóak nagyszámú biológiai minta rutinszerű vizsgálatához, szemben az általunk fejleszteni kívánt költséghatékony elektroforetikus eljárással.
Az emlősök kültakarójának színét és mintázatát számos gén és génváltozat, valamint a köztük kialakuló kölcsönhatások befolyásolják. Öt változatát írták le a pigmenttermelés szabályzásában részt vevő melanokortin-1 receptort (MC1R) kódoló Extension lókusznak: egy domináns ED allélt, mely a fekete szőrszínért felelős, egy recesszív ,,e” allélt, mely a vörös szőrszínt alakítja ki, valamint az E+ allél csoportot (E1, E2, E3), ezek felelősek a vad-típusú színkombinációk megjelenéséért. Célul tűztük ki egy olyan DNS alapú eljárás kidolgozását, ami lehetővé tenné az összes MC1R génváltozat azonosítását különböző biológiai és élelmiszer mintából, így a módszer hozzájárulhatna a szarvasmarha hús- és tejtermékek fajta szerinti eredetazonosításához.
A DNS variációk kimutatásának egyik egyszerű és költséghatékony eszköze a PCR-SSCP eljárás. A módszer alapelve, hogy a szekvenciában bekövetkezett akár egyetlen bázisnyi eltérés is megváltoztathatja az egyszálúsított DNS háromdimenziós szerkezetét a mutációt nem hordozó génváltozattal szemben. A szerkezeti eltérések szekvenciára jellemző, egyedi elektroforetikus mobilitáshoz vezetnek a poliakrilamid gélben, így az egyes génváltozatok elkülöníthetővé válnak.
A különböző szarvasmarha fajtákból izolált, a vizsgálathoz szükséges kontroll minták genotípusát DNS szekvenálással ellenőriztük. Az öt génváltozat elkülönítése érdekében az alábbi, a kimutatás érzékenységét befolyásoló tényezőt vizsgáltunk meg: az elektroforézis időtartama; a futtatási hőmérséklet; a PCR termék mérete; a gélmátrix akrilamid és bisz-akrilamid koncentrációjának hatása; adalékanyag (glicerin) alkalmazása.