Az emlő- és endometrium eredetű ERα pozitív sejtvonalak meta-analízise

Az ösztrogén receptor alfa (ERα) a magreceptor családhoz tartozó, ligand-aktivált transzkripciós faktor, amely képes a 17β-ösztradiolt kötni. Az így kialakuló hormon-receptor komplex a DNS transzkripciót szabályozó régióihoz kötődve befolyásolja a specifikus gének expresszióját. Az ERα kifejeződhet többek között az emlő és a méh szöveteiben, a prosztata kötőszövetes vázában, a here Leydig- és a petefészek tüszőinek külső sejtjeiben egyaránt.
Ösztrogén hormonfüggő daganattípusok a mellrák bizonyos fajtái, melyek sejtproliferációja során egy fokozott ösztrogén stimuláció zajlik le. Az ERα szabályozza az ösztrogénre reagáló gének transzkripcióját, így befolyásolva a sejtnövekedést, differenciálódást, malignus transzformációt a különböző célsejtekben. Szerepet játszik egyes szövetek, mint például az emlő és a méh szöveteinek fiziológiás és kóros elváltozásában, tehát az ERα általi transzkripciós változások meghatározzák az emlőrák kimenetelét és a kezelésre adott választ.
Munkánk során két emlő-eredetű (MCF-7 és T-47D) és két endometrium-eredetű (ECC-1 és Ishikawa) ösztrogén receptor pozitív sejtvonal meta-analízisét végeztük el: az ERα transzkripciós faktor kötőhelyek vizsgálatához minden publikált ChIP-seq (kromatin immunprecipitáció, majd azt követő mélyszekvenálás) adatot bioinformatikai módszerekkel újraelemeztünk és meghatároztuk az egyes sejtvonalak egyedi és közös ERα kötőhelyeit. Feltérképeztük azokat a géneket is, amelyekben a kötőhelyek találhatóak, továbbá azonosítottuk a kötőhelyeken belül található SNV-ket és megvizsgáltuk, hogy összefüggésben állhatnak-e ezen variánsok és gének az emlőrákkal.
Külön hangsúlyt fektettünk a különböző eredetű sejtvonalak összehasonlítására: az MCF-7 és T-47D sejtvonalak, melyek emlő-eredetűek, lényegesen több közös ERα kötőhelyet mutattak, és az endometrium-eredetű ECC-1 és Ishikawa sejtvonalakban is több közös ERα kötőhelyet azonosítottunk, mint az egyes, különböző eredetű sejtvonalak között. A további elemzések is hasonló, sejtvonal eredetekre jellemző adatokat eredményeztek.