Kromatin vizsgálatok az ERα kötőhelyek tanulmányozásához MCF-7 sejtvonalban

Az ösztrogén receptor alpha (ERα) egy ligandfüggő transzkripciós faktor, amely kooperáló faktoraival befolyásolja a génexpressziót és a kromatin organizációt. Az ERα által szabályozott transzkripciós változásoknak kiemelt szerepe van az emlőrák többségében azáltal, hogy meghatározza az emlőrák kimenetelét és a kezelésre adott választ. Napjainkban a transzkripciós faktor kötőhelyeket vizsgáló módszerek (ChIP, ChIP-chip, ChIP-Seq, ChIA-PET) rohamos fejlődésével számos ERα kötőhely tanulmányozásával foglalkozó publikáció jelenik meg, azonban a módszerek, kísérleti körülmények heterogenitása és biológiai variabilitás következtében még nem teljesen megértett az ERα által szabályozott transzkripciós változás. Az újabb és újabb kooperáló faktorok és különböző target gének azonosítása is hozzájárul a folyamat megértésének komplexivitásához, amelyek a későbbiekben megfelelő markerek és terápiás célpontok lehetnek az ösztrogén pozitív emlőrákban.
Tanulmányunk során a hormon-érzékeny emlőrák modelljeként MCF-7 sejtvonalat használtunk, amely kiváló lehetőséget biztosít az ERα-DNS kölcsönhatás vizsgálatához. Az ilyen fehérje-DNS interakciók tanulmányozásához legelterjedtebb módszer a kromatin immunprecipitáció (ChIP). Célunk az volt, hogy az ezen módszer különbözőségeiből származó kulcslépéseket megvizsgáljuk. Kísérleteink során optimalizáltuk a kromatin fragmentációt szonikálással és enzimes emésztéssel egyaránt, majd a már ismert ERα target kötőhelyek kiválasztása után qPCR-ral detektáltuk a keletkezett genomi fragmenteket. Megvizsgáltuk továbbá az IP hatékonyság növelés érdekében az ERα antitest kötőkapacitását egy külső kontrollal. Végül összehasonlítottuk az ERα kötődést 17β-ösztradiol kezelés nélkül és kezelés hatására ezekre az ERα specifikus régiókra. A kezelés hatásosságának ellenőrzése során különböző időpontokban vett mintákból meghatároztuk az ösztrogén mediált kvantitatív mRNS változást ismert ERα target génekben. Jelenlegi kísérleteink segítségével az ERα kötődés széleskörű, teljes genomszintű vizsgálata válik lehetővé.