Kromatin immunprecipitáció optimalizálása alacsony sejtszámra jövőbeli klinikai vizsgálatok bevezetésének céljából

A génexpressziós, epigenetikai mintázat változásoknak kulcsfontosságú szerepe van különböző betegségek kialakulásában. Transzkripciós faktorok, kofaktorok, hiszton módosítások jelenléte vagy hiánya a gének szabályozó régiója körül kóros állapotok hátterében állhatnak.
Ezen eltérések tanulmányozásához legelterjedtebben használt módszer a fehérje-DNS interakciókat vizsgáló kromatin immunprecipitáció (ChIP). A transzkripciós faktor-kromatin kölcsönhatás klinikai mintákon folytatott vizsgálatát megnehezíti a gyakran igen korlátozott mennyiségű kiindulási anyag, a minimális mennyiségű szövettani minta. Bár a kromatin immunprecipitáció, rohamos fejlődésen megy keresztül napjainkban is, az alacsony sejtszámból kiinduló vizsgálat még nem általánosan bevett gyakorlat.
Célul tűztük ki alacsony sejtszámon végzett kromatin immunprecipitáció beállítását a laboratóriumunkban, publikált protokoll alapján. A vizsgálathoz MCF-7 emlődaganat eredetű sejtvonalat használtam, amely nagymértékben expresszál ösztrogén receptort. Ez a transzkripciós faktor kulcsfontosságú ebben a daganattípusban, meghatározza a daganat kimenetelét és a kezelésre adott választ.
Kísérleteink során csökkenő sejtszámból kiinduló ChIP reakciókat teszteltünk úgynevezett karrier hordozó anyagok (RNS+hiszton) hozzáadásával és anélkül.
Eddigi eredményeink alapján a karrier nem növelte az IP hatékonyságát. Célunk továbbra is változatlan, minél alacsonyabb sejtszámból hatékony ChIP-et végezni. Ez számos optimalizációt igényel a jövőre nézve, hogy végezetül klinikai mintákon is elkezdhessük a vizsgálatokat.