Multiplex PCR alkalmazása gazdasági fajok fajazonosításában

Napjainkban egyre nagyobb figyelmet kap a különböző állati eredetű hús- illetve tejtermékek kapcsán a gazdasági haszonállatok fajazonosítása. Erre a közelmúlt élelmiszerhamisítás botrányai is felhívják a figyelmet. Az elmúlt évtizedekben számos analítikai, biokémiai és molekuláris biológiai módszert fejlesztettek ki élelmiszerekből történő fajazonosításra. Eleinte fehérjeanalitikai vizsgáló módszereket illetve zsírsavösszetételt meghatározó metodikákat alkalmaztak. Napjainkban a DNS-alapú technikák terjedtek el egyszerűségük és költséghatékonyságuk miatt a fajazonosítások terén. Munkánk során célul tűztük ki egy olyan molekuláris biológiai módszer kifejlesztését, amely segítségével egyszerűen, és költséghatékonyan tudjuk beazonosítani az élelmiszereinkben megtalálható állatfajok DNS-ét.
A PCR technikák egyik gyakran alkalmazott fajtája a multiplex PCR. Ezen technika során egy reakcióközegen belül több primerpárt (fajonként 1 primerpár) alkalmazva lehetővé válik a felamplifikált DNS szekvencia szakaszok méret szerinti elválasztása agaróz gélen. Fajazonosítást háziszárnyasokon belül végeztünk. A különböző fajok mitokondriális DNS szekvenciáira terveztünk különböző primerpárokat úgy, hogy univerzális reverz primereket jelöltünk ki, és ezekhez képest a forward primereket különböző helyekre terveztük a különböző fajok esetében, annak érdekében, hogy PCR-es felszaporítás után eltérő termékméreteket kaphassunk. Ez a méretkülönbség adja a fajok elkülönítésének alapját egy adott mintán belül. A primertervezés során vizsgáltuk a hairpin struktúrák, a dimer struktúrák –primer önmagával történő dimerizációja, más primerekkel való dimerizáció- kialakulásának valószínűségét. A tervezett primerpárok optimális tapadási hőmérsékleteit gradiens PCR segítségével határoztuk meg. Továbbá vizsgáltuk húsokból kivont DNS mintákon a különböző fajok DNS-einek a kimutatási határát.
A munka során a körülmények optimalizálásával a kísérletbe bevont fajok közül 3 faj (házi tyúk, házi kacsa, pulyka) egyszerre történő azonosítását tudtuk kivitelezni.