Cystás fibrosis molekuláris genetikai diagnosztikája: CFTR gén szekvenálás optimalizáció

Printer-friendly versionPrinter-friendly version
Conference: 
2009/2010. tanévi helyi TDK konferencia
Szekció: 
Molekuláris biológia, Fejlődésbiológia, Genetika, Bioinformatika, Genomika
Szerző(k):
Madar László
Intézet:
Klinikai Biokémiai és Molekuláris Patológiai Intézet
Témavezető(k):
Dr. Balogh István

Bevezetés. A cystás fibrosis (CF) az egyik leggyakoribb, a szervezet exocrin mirigyeit érintő súlyos genetikai betegség. Modern diagnosztikája molekuláris genetikai, de megnehezíti a számos igen ritka mutáció. Irodalmi adatok szerint a kaukázusi népcsoportban a deltaF508 mutáció áll leggyakrabban a betegség hátterében. Célunk a korábban multiplex mutáció detektáló kitekkel vizsgált kelet-magyarországi betegek mutációspektrumának DNS szekvenálással történő felmérése volt.
Anyag és módszer. A CFTR gén mind a 27 exonját vizsgáltuk. 30 PCR reakciót optimalizáltunk irodalmi és saját tervezésű primerekkel. Az optimalizált reakciókkal vizsgáltuk az olyan betegek mintáit, akik esetében a multiplex mutáció detektáló módszerek nem mutatták ki a teljes genetikai hátteret.
Eredmények. Az összes PCR reakció működött a 3 hibridizációs hőmérséklet (50-55-60 °C) valamelyikén. Két esetben volt szükség betain hozzáadására, míg egy esetben nagyobb mennyiségű (15 pmol/reakció) oligonukleotid felhasználására. Az optimalizált rendszerrel beteg mintákon végzett analízis minden esetben felderítette a cystás fibrosis molekuláris hátterét. A detektált mutációk (L101X, Q220X, S466X, E831X, Y1092X) minden esetben 'stop' kodon beépülésével járnak és ezért patogéneknek tekinthetők.
Következtetés. A CFTR gén direkt szekvenálása rutin molekuláris genetikai diagnosztikai lehetőséggé vált. A gén exonjainak amplifikálása egyszerű, a kialakított protokoll szerint 3 csoportban elvégezhető. A DNS szekvenálás során a genetikai háttér felderítésével közelebb került a CFTR gén mutációk magyarországi előfordulásának felmérése.

Támogatók: Támogatók: Az NTP-TDK-14-0007 számú, A Debreceni Egyetem ÁOK TDK tevékenység népszerűsítése helyi konferencia keretében, az NTP-TDK-14-0006 számú, A Debreceni Egyetem Népegészségügyi Karán folyó Tudományos Diákköri kutatások támogatása, NTP-HHTDK-15-0011-es A Debreceni Egyetem ÁOK TDK tevékenység népszerűsítése 2016. évi helyi konferencia keretében, valamint a NTP-HHTDK-15-0057-es számú, A Debreceni Egyetem Népegészségügyi Karán folyó Tudományos Diákköri kutatások támogatása című pályázatokhoz kapcsolódóan az Emberi Erőforrás Támogatáskezelő, az Emberi Erőforrások Minisztériuma, az Oktatáskutató és Fejlesztő Intézet és a Nemzeti Tehetség Program