A poszt-genomi kor fontos vívmánya a nagy áteresztőképességű funkcionális genomikai módszerek kifejlesztése. Nagy részük újgenerációs szekvenálást alkalmaz mint detektálási módszert (például ChIP-seq, RNA-seq, GRO-Seq, DNase-seq). Ezen egymást kiegészítő módszerekből nyert információk egymásra vetítésével közelebb kerülhetünk a megjelenő fenotípust befolyásoló génexpressziós folyamatok rendszerszintű megértéséhez, elősegíthetik különböző kóros állapotok, betegségek (pl. obezitás, diabétesz, tumoros megbetegedések) kialakulásának és lefolyásának megértését. Ezen információkat később felhasználhatjuk racionális gyógyszertervezés során, illetve hozzásegíthet új diagnosztikai és betegség monitorozási módszerek kifejlesztéséhez.
A kromatin immunprecipitáció (ChIP) alapvető módszer a kromatint alkotó fehérje-DNS interakciók detektálásában. Kutatócsoportunk célja olyan szabványosított kísérleti és bioinformatikai rendszer kialakítása és bevezetése a laboratóriumi gyakorlatba, amely megbízhatóan és költséghatékonyan alkalmazható ChIP-seq minták előállításához és az eredmények kielemzéséhez. A kapott adatok interpretációjakor gyakran felmerülő
probléma a megfelelő belső kontroll, normalizáló hiánya. Ezen hiányosság korrigálására olyan új, transzkripciós faktor- illetve hiszton módosítás-specifikus fehérje-DNS komplex természetű technikai kontrollokat fejlesztünk és tesztelünk különböző sejtvonalakon, amelyeket az immunprecipitációs lépés során a rendszerhez adva a teljes
kísérleti folyamat során jelen vannak, és a kísérlet végén kvantitatívan detektálhatóak Real-Time PCR segítségével.