Cystinuria genetikai analízise klinikai exom szekvenálással

Nyomtatóbarát változatNyomtatóbarát változat
Konferencia: 
2015/2016. tanév
Tagozat: 
Gyermekgyógyászat, infektológia, pulmonológia
Előadó szerző adatai
Név (format for foreign students: Last Name, First Name): 
Kovács Dóra

Előadás adatai

Előadás címe: 
Cystinuria genetikai analízise klinikai exom szekvenálással
Összefoglaló: 

Bevezetés: A cystinuria autoszomális recesszív öröklődésmenetet mutató betegség, ami a dibázikus aminosavak –cystin, arginin, lysin, ornithin- károsodott reabszorpciójához vezet a proximális vesetubulus és a vékonybél epitheliumán keresztül. Prevalenciája 1:7000 újszülött. Kialakulásának hátterében az SLC3A1 és SLC7A9 gének mutációja állhat, ezen alapszik genotípusos klasszifikációja SLC3A1 (A típus) és SLC7A9 (B típus), illetve mindkét génben lévő mutáció (AB típus). Vizsgálataink célja egy rokonházasságból született testvérpár két fenotípusos jelleg miatti molekuláris vizsgálata, akik esetében a testvérpár mindkét tagjánál a cystin kövek mellett a másik vese hypoplasiás volt.
Anyag és módszer: A cystinuria hátterében álló mutációk igazolására perifériás vérből történő DNS izolálást követően klinikai exom (TruSight One Sequencing Panel) szekvenálást végeztünk, mely egyidejűleg 4813 gén szekvenálására képes. Az informatikai analízis során a cystinuria hátterének felderítése mellett a vesében expresszálódó gének és a vese hypoplasiaval kapcsolatba hozható gének analízisére került sor. Összesen 109 gén kódoló régióját és exon-intron határait (±5 nukleotid) vizsgáltunk. Azokat az eltéréseket vettük figyelembe, melyek a testvérpár mindkét tagjánál jelen voltak.
Eredmények: A két cystinuria gén lefedettsége korábbi exom adataink alapján (n=9) megfelelőnek adódott (SLC3A1 esetében >30x 95,1%, <20x 2,3%, míg SLC7A9 esetében >30x 95,4%, <20x 1,4%). A 109 gén analízise során 18, mindkét testvér által hordozott mutációt detektáltunk, melyek közül 16 gyakori polimorfizmus volt. Egy glucosuriával kapcsolatba hozható mutáció (SLC5A2, c.1405G>A, p.Ala469Thr) heterozigóta formában volt jelen. A cystinuria oki tényezőjeként az ismerten patogén SLC3A1, c.647C>T (p.Thr216Met) mutációt detektáltuk, homozigóta formában.
Következtetés: A klinikai exom szekvenálás kiválóan alkalmas a genetikai heterogenitást mutató monogénes betegségek vizsgálatára. A sikerrel kimutatott, cystinuriát okozó mutáció mellett a vese hypoplasia esetleges molekuláris okát nem tudtuk detektálni, ami más, eddig nem ismert gének szerepére, vagy nagy, e módszerrel nem vizsgálható genetikai eltérések lehetőségére utal.

1. témavezető adatai
Név: 
Dr. Szabó Tamás
Intézet / Tanszék/ Klinika: 
Gyermekgyógyászati Intézet
2. témavezető adatai
Név: 
Dr. Balogh István
Intézet / Tanszék/ Klinika: 
Laboratóriumi Medicina Intézet, Klinikai Genetika Tanszék

Támogatók: Támogatók: Az NTP-TDK-14-0007 számú, A Debreceni Egyetem ÁOK TDK tevékenység népszerűsítése helyi konferencia keretében, az NTP-TDK-14-0006 számú, A Debreceni Egyetem Népegészségügyi Karán folyó Tudományos Diákköri kutatások támogatása, NTP-HHTDK-15-0011-es A Debreceni Egyetem ÁOK TDK tevékenység népszerűsítése 2016. évi helyi konferencia keretében, valamint a NTP-HHTDK-15-0057-es számú, A Debreceni Egyetem Népegészségügyi Karán folyó Tudományos Diákköri kutatások támogatása című pályázatokhoz kapcsolódóan az Emberi Erőforrás Támogatáskezelő, az Emberi Erőforrások Minisztériuma, az Oktatáskutató és Fejlesztő Intézet és a Nemzeti Tehetség Program