A veleszületett immunrendszer mintázat felismerő receptorai (PRR) kulcsfontosságú szerepet töltenek be a szervezet első védelmi vonalában. Ezen receptorok a patogén-asszociált molekuláris mintázatok felismerésére specializálódtak mind extracelluláris, mind intracelluláris formában. A NOD-like receptor (NLR) család tagjai tipikusan intracellulárisan működnek és patogén mikroorganizmusokat és vírusokat ismernek fel. Az NLR család legnagyobb tagja az NLRC5, amely 1866 aminosavat tartalmaz és legfőképpen vérképző sejtekben (myeloid, limfoid) fejeződik ki. Az NLRC5 szerkezetén belül különböző domének felelősek az oligomerizációért és ezáltal az aktivációért, valamint a downstream jelátvitelért. A vírusellenes immunválasz pozitív és negatív regulátoraként működik megteremtve egy jól szabályozott negatív visszacsatolási mechanizmust. Ezen kívül a fehérje szerepet játszik az inflammaszóma jelátvitel és az MHC I transzkripció szabályozásában is, továbbá szabályozza a MAP- kináz és NF-κB jelátviteli útvonalak működését.

A Selected Reaction Monitoring (SRM) egy rendkívül szelektív és érzékeny tömegspektrometriás vizsgálati módszer. SRM analízisek kivitelezése tripla kvadrupollal rendelkező tömegspektrométereken történik, mely három, sorban elhelyezett tömeganalizátorból áll. Az első kvadrupolba bejuttatott ionok közül csak egy meghatározott m/z arányú prekurzor ion kerül kiválasztásra, mely továbbítódik a második kvadrupolba, ahol a prekurzor ion fragmentálódik. Az így kapott fragmens ionok továbbítódnak a harmadik kvadrupolba, ahol egy meghatározott fragmens ion kiválasztása történik. A detektálás során kapott spektrum görbe alatti területe arányos a tömegspektrométerbe bejutott anyagmennyiséggel, emiatt a módszer mennyiségi meghatározásra is alkalmas.

Kísérleteink során létrehoztunk egy SRM alapú relatív kvantitálási módszert az NLRC5 fehérje vizsgálatára. A módszer optimalizálását NLRC5 overexpresszáló sejtvonalakból származó mintákon végeztük el, majd ezt követően többféle sejtvonalból származó mintában összehasonlítottuk az NLRC5 fehérje mennyiségét.